財政部臺北國稅局表示，所得稅法第39條有關營利事業適用盈虧互抵之規定，係以公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，如期申報案件為適用之對象。
該局說明，上開適用案件如屬經會計師查核簽證者，除應如期於辦理結算申報時提出相關申報書表，並應依「營利事業委託會計師查核簽證申報所得稅辦法」規定於期限內提出會計師簽證申報查核報告書，始符合所得稅法第39條之規定，而得適用盈虧互抵。
該局舉例，甲公司辦理111年度所得稅結算申報，採用網際網路申報，依財政部91年5月22日台財稅字第0910452162號函釋，會計師查核簽證報告書及相關附件資料，得於112年6月30日前提出，然該公司遲至112年7月22日始提出會計師查核簽證報告書，因此，甲公司雖於112年5月20日辦理111年度營利事業所得稅結算申報，且於結算申報書封面載明申報類別為會計師簽證案件，由簽證會計師於封面簽章，惟甲公司既逾限補送會計師查核簽證報告書等相關附件至該局，依財政部75年5月20日台財稅第7546087號函及82年1月5日台財稅第811687995號函，應視為普通申報案件，自無所得稅法第39條第1項但書規定得盈虧互抵之適用。
該局呼籲，公司組織之營利事業如欲適用盈虧互抵，即應注意符合所得稅法第39條第1項但書規定之要件，以免遭調整補稅並加計利息。