1.短漏報營業收入&非營業收入
- 公司因竊盜損失、車禍支付相關醫藥費、賠償金等確實證明文件者，可核實認列，惟納稅義務人往往申報全額之費用（損失），卻漏報保險公司理賠收入。
- 營利事業結清勞工退休準備金帳戶並領取結清款項及孳息，未列報於當年度非營業收益項下，致漏報所得額。
- 小規模營利事業於年度中途改為使用統一發票商號，漏未將其查定銷售額合併已開立統一發票營業額一併申報。
- 營利事業外銷收入之歸屬年度，依營利事業所得稅查核準則第 15條之2第1款規定，應以外銷貨物報關日或郵政、快遞事業掣發執據蓋用戳記日所屬之會計年度認定，而非以交貨、驗收或收款日所屬會計年度作為收入歸屬年度。
- 營利事業已交付開立銷貨發票之貨品，收入已實現，仍帳列預收貨款，隱匿該筆營業收入。
- 營利事業將資金貸與股東或同業，未收取利息或約定之利息偏低者。
2. 營業成本虛增
- 營利事業依進口報單所記載進口稅及貨物稅先行報進貨成本，其後又依海關核發「海關進口貨物稅費繳納證」重複列報進口稅及貨物稅。
- 營利事業發生銷貨退回，卻以銷貨折讓處理，未於存貨帳中將退貨入庫記入，至期末存貨少記，虛列當期銷貨成本。
- 營利事業主為買賣業，部分加工分裝加工產品，惟將所有製造費用帳列其他營業成本項下，未分攤至期末存貨，致虛列當期成本。
3. 營業費用&非營業支出虛增
- 營利事業列報經營本業及附屬業務以外之損失，或個人、家庭消費支出。
- 營利事業列報各種稅法所規定之滯報金、怠報金、滯納金等及各項罰鍰，不得列為費用或損失。前開各項罰鍰不限於違反稅法規定罰鍰，營利事業因違反環境汙染、食品安全、交通違規等行政法處罰之罰鍰，亦不得列為費用或損失。
- 營利事業以無僱傭事實之人頭，虛報薪資等費用。
- 營利事業列報國外佣金支出，雖提示雙方簽訂之合約書及結匯之匯款證明，惟未依營利事業所得稅查核準則第92條規定，提示足資證明仲介服務之具體證明文件（例如相關仲介服務洽商過程之傳真、電子文件、銷售合約 等）
- 營利事業所得稅查核準則第96條第8款規定，營利事業之固定資產及無形資產，一律逐年依率提列不得間斷。惟營利事業因該年度虧損而中斷提列攤銷或折舊費用，於嗣後年度補提時已逾應提列年度，其中斷年度之攤銷或折舊費用不得補提。
- 營利事業列報投資損失，惟該被投資公司未辦理減資彌補虧損，營利事 業原出資額並未折減，屬尚未實現之損失，依營利事業所得稅查核準則第99條規定，不得列報。
- 營利事業修繕費支出大於8萬且效能非2年內所能耗竭，未依營所稅查核準則第77條第2項規定帳列資本支出
- 營利事業列報因債務人倒閉致債權一部或全部無法收回之呆帳損失，依營利事業所得稅查核準則第94條第6款規定，應取具郵政事業無法送達之存證函，債務人為營利事業者，存證函應書有債務人倒閉或他遷不明前之確實營業地址。營利事業因取具之存證函寄送地址非債務人倒閉前之確實營業地址，致與前開規定不符。