營業人申請營利事業登記，其常見組織型態有獨資合夥(商號行號)、有限公司/股份有限公司；其法律責任、租稅負擔及其他常見因素如下，企業主可考量下列幾點問題，做出適當的選擇。
一、是否需要開立統一發票?
現行公司組織必需要使用統一發票；獨資合夥原則上使用統一發票， 符合條件得向當地稽徵所申請使用免用統一發票。
申請使用免用統一發票條件略述:
1.每月營業收入未超過20萬元。
2.規模狹小且交易零星
3.零售業非批發
稽徵所會綜合上述條件並考量當地租金水準及行業性質，是否會核准免用統一發票，視個案情形而定。
二、租稅負擔比較
| 稅目 | 公司 | 行號 | ||
| 使用發票 | 使用發票 | 使用收據 | ||
| 營業稅 | 稅率 | 5% | 5% | 1% |
| 徵收 | 依實際情況，按期申報 | 依實際情況，按期申報 | 依核定金額，按季徵收 | |
| 計算 | (銷項稅額-進項稅額) =A A ＞0，則A=應納營業稅 A ＜0，則A=留抵稅額 |
(銷項稅額-進項稅額) =A A ＞0，則A=應納營業稅 A ＜0，則A=留抵稅額 |
核定銷售額 * 1% = 應納營業稅； 進項稅額的 10% 得另外申請扣抵應納營業稅 | |
| 暫繳申報 | 申報期限 | 每年9/30前依上年度已納稅額50%申報繳納 | N/A | N/A |
| 營所稅所得 | 所得 | 依實際情況 | 依實際情況 | 依核定數 |
| 稅率 | 20% | 屬營利所得，併入個人綜所稅申報。 | N/A | |
| 盈虧互抵 | 達成條件可後抵10年(註1) | (註2) | ||
| 未分配盈餘 | 分配期限 | 次年6/30前決定分配金額 | N/A | N/A |
| 稅率 | 5% | N/A | N/A | |
公司組織之營利事業符合所得稅法第39條但書規定者，得將其經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除，其要件如下：
1.會計帳冊簿據完備。
2.虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證。
3.如期申報。
註2:
若納稅義務人及其配偶經營2個以上之獨資、合夥組織之營利事業，均係使用藍色申報書，其中如有虧損，得依所得稅法第16條規定，將核定之虧損就核定之營利所得中減除，以其餘額為計算個人綜合所得總額項目。
三、客戶分布的區域範圍？是否遍及全國?
獨資合夥名稱僅限區域性，假設在台北設一間＂七七七商號＂，別人也可以在台中市開一間同名字的商號。
而設立公司則是全國有排他性。
四、法律責任差異為何？
1.獨資及合夥：不具備獨立的法人格，對其營利事業事業所產生的債務負無限清償責任。此外，因不具備獨立的法人格，銀行借款其額度是與個人綁在一起，會連帶影響個人信用。
2.有限公司/股份有限公司：該類型公司與出資人（股東）法律上為不同的個體，股東對於公司的責任，僅以其出資額為限，負有限清償責任。
五、股東人數是否很多？組成複雜?
在合夥組織的型態下，若有應變更之事項或決議，需經全體合夥人同意；
公司組織下，若有應變更登記事項，按事件別行使董事會或股東會決議，其決議大部分是需要部分表決權同意即可。
故若股東人數眾多，考量到日後決策執行的效率，應成立公司組織較優。且若股東組成複雜，考量前點所述無限清償責任，不宜用合夥組織。
六、其他常見因素
1.往來廠商為舉證成本費用需取得合法進項憑證(通常為統一發票)用以申報營所稅或扣抵營業稅進項稅額。
若獨資合夥申請免用統一發票，即小規模收據，該憑證在所得稅法上有限額限制且無法扣抵營業稅進項稅額，故部分廠商不喜歡拿該類憑證。